全国碳市场建设是一项复杂的系统工程，要坚持题目导向、目标导向，强化系统观念，统筹好市场和政府、长远目标和短期目标、整体和局部、国内和国际等关系，推动全国碳市场体制机制更加完善、数据可靠性更高、行业包收留性更强。
比如，在统筹好有效市场和有为政府的关系方面，生态环境部华南环境科学研究所所长严刚以为，政府重在构建制度框架与风险防控体系，在设定碳配额控制目标、完善市场调节、平衡市场供需、加强市场监管等方面发挥作用。市场则聚焦资源配置效能开释，通过丰富交易产品、扩展交易主体等提升活力，激发内生动力，形成真实碳价信号。要平衡好“放得活”与“管得住”的关系，既要充分激发市场活力，又要加强监管，维护市场秩序，确保碳市场健康有序发展。
在统筹全国碳市场与地方试点碳市场衔接方面，严刚说，随着全国碳市场加快扩大行业覆盖范围，试点碳市场覆盖的行业和企业数目将逐步减少。这并不意味着试点碳市场发挥的作用逐步减弱，地方试点碳市场将继续发挥“政策试验田”的功能，在扩大覆盖范围、完善市场调控机制、创新监管手段、健康有序发展碳金融等方面先行先试，为全国碳市场建设发展探索经验。
国务院发展研究中心资源与环境政策研究所副所长王海芹表示，在完善碳市场引领国内绿色低碳转型的同时，还应将碳市场作为对外开展绿色低碳发展合作的制度保障，在全国碳市场制度设计中坚持国际标准并预留对外接口，在开放合作和深进交流中提升国际影响力，发挥碳市场促进绿色发展跨国合作的桥梁作用，推动国内绿色低碳技术、产业等走出往。

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